生物安全柜的工作原理主要是將柜內空氣向外抽吸，使柜內保持負壓狀態，通過垂直氣流來保護工作人員；外界空氣經高效空氣過濾器過濾后進入安全柜內，以避免處理樣品被污染；柜內的空氣也需經過過濾器過濾后再排放到大氣中，以保護環境。
作用：空氣過濾系統是保證本設備性能最主要的系統，它由驅動風機、風道、循環空氣過濾器和外排空氣過濾器組成。其最主要的功能是不斷地使潔凈空氣進入工作室，使工作區的下沉氣流(垂直氣流)流速不小于0.3m/s，保證工作區內的潔凈度達到100級。同時使外排氣流也被凈化，防止污染環境。
注意事項。
1.為了避免物品間的交叉污染，整個工作過程中所需要的物品應在工作開始前一字排開放置在安全柜中，以便在工作完成前沒有任何物品需要經過空氣流隔層拿出或放入，特別注意：前排和后排的回風格柵上不能放置物品，以防止堵塞回風格柵，影響氣流循環。
2.在開始工作前及完成工作后，需維持氣流循環一段時間，完成安全柜的自凈過程，每次試驗結束應對柜內進行清潔和消毒。
3.操作過程中，盡量減少雙臂進出次數，雙臂進出安全柜時動作應該緩慢，避免影響正常的氣流平衡。
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